Investigación en bioquímica molecular y proteómica 2008
Por cuarto año consecutivo, los alumnos del último año de la especialidad química de la Escuela Tecnico ORT Argentina realizarán sus proyectos finales en distintas universidades y centros de investigación, con profesionales reconocidos. La metodología de trabajo evita la transposición didáctica, permitiendo a los estudiantes, realizar su actividad final en los lugares donde se está generando el conocimiento.
La articulcion entre el nivel medio y el posgrado universitario es auspiciada por el CONICET (consejo nacional de investigacion cientifica y tecnica). Los proyectos de investigacion para el año en curso son:
1) Evaluación de la expresión de la molecula de adhesión cadherina epitelial en tejidos humanos normales y tumorales.
Investigador: Dra. Monica Vazquez-Levin.Instituto de biología y medicina molecular ( IBYME-CONICET) .
Alumnos: Yael Dobzewicz y Gala Szapiro.
Blog: http://www.proyecto-6q.blogspot.com/
2) Accion del hexaclorobenceno (HCB) sobre la Uroporfirinógeno descarboxilasa de una línea celular de hepatocitos humanos. Mecanismo de acción .
Investigador: Dra. Maria del Carmen Rios de Molina.
Instituto: Departamento química biológica, facultad de ciencias exactas y naturales.
Alumnos: Lucas Toiw y Uriel Frid.
Blog: http://www.proyectofrid-toiw08.blogspot.com/
3) Modelos experimentales de enfermedades metabólicas: Porfiria y Síndrome Metabólico. Proteómica y Metabolómica de estos disturbios.
Investigador: Dra. Marta Blanca Mazzetti.
Instituto: Departamento de Química Biológica, Facultad de Ciencias Exactas y Naturales (UBA). Alumnos: Maria Duperron y Mauro Elencwajg.
Blog: http://www.proyectofinal6q.blogspot.com/
4) Factores no hemodinámicos relacionados con la génesis y evolución de la proteinuria durante la enfermedad renal progresiva.
Investigador: Dra. Elsa Zotta.
Instituto: Laboratorio de Fisiopatogénia, Departamento de fisiología, Facultad de medicina, UBA.
Alumnos: Barbara Helueni y Melanie Naiman.
Blog: http://www.proyectoq08.blogpsot.com/
5) Estudio de la participacion de la anandamida en la regulacion de la interaccion espermatozoide-ovioducto en un modelo bovino.
Investigador: Dra. Silvina Perez Martinez.
Instituto: Facultad de medicina - UBA.Alumnos: Judith Arenas Tenenbaum y Melina Braverman.
Blog: http://www.scienceproject08.blogspot.com/
6) El estudio de los mecanismos moleculares involucrados en la regulación del gen UGA4 de Saccharomyces cervisiae en respuesta a cambios en la disponibilidad de nutrientes con el fin de dilucidar las distintas cascadas de señales desencadenadas por dichos nutrientes y establecer sus interconexiones.
Investigador: Dra Susana Correa García.
Instituto: Departamento de Química Biologica, Facultad de ciencias Exactas y Naturales, UBA. Alumnos: Iván Mikiej y Victoria Salama.
Blog: http://www.proyectoquimica22.blogspot.com/
7) Diagnóstico de la enfermedad de Von Willebrand (VWD) tipo 2N por técnicas fenotípicas y genotípicas.Investigador: Dra. Adriana I. Woods.
Instituto: Instituto de Investigaciones Hematológicas "Mariano R. Castex" de la Academia Nacional de Medicina.
Alumnos: Abigail Skverer y Daniela Lin.
Blog: http://www.vwd-diagnostico.blogspot.com/
8) Estudio de la mielinogenesis en el sistema nervioso periferico en condiciones fisiologicas y patologicas. Participacion de celulas pluripotentes en el proceso de degeneracion-regeneracion nerviosa.
Investigador: Dra Patricia Setton-Avruj.
Instituto: Departamento de Quimica Biologica, Facultad de Farmacia y Bioquimica (IQUIFIB-UBA-CONICET).
Alumnos: Daniel Averbuj y Eitan Rozenszajn.
Blog: http://www.proyectoaverbuj-rozenszajn.blogspot.com/
9) Diseño y desarrollo de vacunas antitumorales empleando bacterias y celulas tumorales modificadas con genes inmunomodiladores. Estudio de los mecanismos inmunes inducidos. Investigador: Claudia I. Waldner y Claudia Mongini.
Instituto: Laboratorio de inmunologia celular y molecular. Centro de Estudios Farmacologicos y Botanicos (CEFYBO. CONICET-UBA)
Alumnos: Amalia Surijon y Maria Belen Tolava Rivero.
Blog: http://www.amibeluproyecto.blogspot.com/
10) Marcadores Geneticos Asociados al Cáncer.
Investigador: Dr.Javier Hernán Cotignola.
Instituto: Laboratorio de Cáncer y Apoptosis del Departamento de Quimica Biologica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales de la UBA.
Alumnos: Ayelén Marano y Solange Perchik.
Blog: http://www.marcadoresgeneticos.blogspot.com/
11) Expresion del canal de la conductancia transmembranal de la Fibrosis Quistica (CFTR) en placentas Preeclampticas: posible rol en la regulacion de la actividad de la Acuoporina-9 (AQP9).
Investigador: Dr Alicia E Damiano.
Instituto: Catedra de Biologia Celular, Departamento de Ciencias Biologicas, Facultad de Farmacia y Bioquimica (UBA)
Alumnos: Gabriel Colodenco y Martín Sapir.
Blog: http://www.proyectofinalcs.blogspot.com/
12) Proteómica de factores secretados por células de cáncer de mama y mama normal con capacidad inhibitoria de la producción lipídica.
Investigador: Dra.Guerra de Grignoli Liliana Noemi.
Instituto: Departamento de Ciencias biologicas. Facultad de ciencias exactas y naturales, UBA-CONICET.
Alumnos: Fabiana Durante y Tamara Broitman.
Blog: http://tyf-proyecto08.blogspot.com/
13) Estudio de la Growth Associated Protein (GAP-43), su interacción con la Ubicutina y su participación en el control del ciclo celular en células NIH3T3 transfectadas en forma estable y transiente. Efecto de la Apo-transferrina en la remielización: participación de la vía Notch en la diferenciación oligodendrioglial.
Investigador: Dra Ana M. Adamo.
Instituto: Departamento de Química Biológica Patológica, Facultad de Farmacia y Bioquímica de la UBA. CONICET.
Alumnos: Rodrigo C. Pampin y Robby Mattes.
Blog: http://www.proyectodeatuyrobby.blogspot.com/
14)Neovascularizaciòn en un modelo murino de inflamaciòn aguda inducida por LPS.
Investigador:Eulalia de la Torre.
Instituto: Facultad de Medicina - Uba - Laboratorio de Inmunofarmacologia.
Alumnos: Federico Mauas Walach y Pablo Kuleff.
Blog: http://finalproyectort.blogspot.com/
15)Interacción de sumo-1 y mage-a2 en la regulacion del oncosupresor p53
Investigador: Martín Monte.
Instituto: Facultad de Ciencias Exactas y Naturales (UBA)
Alumnos: Leonel Stermann y Yair Litman.
Blog: http://proyectosumo.blogspot.com/
2 de octubre
Monitoreamos el crecimiento con calibre (como siempre) midiendo los tres diámetros. En este caso fue el grupo de ratones los cuales le inducimos el tumor. Solo pudimos notar micro puntos, se palpaba una bolita muy pequeña.
Terminamos de hacer las curvas de crecimiento tumoral e hicimos curvas de sobrevida (vivos en función de los días a partir de que el tumor fue inducido).
Terminamos de hacer las curvas de crecimiento tumoral e hicimos curvas de sobrevida (vivos en función de los días a partir de que el tumor fue inducido).
25 de septiembre
Monitoreamos el crecimiento del tumor en distintos grupos de ratones. El tamaño lo tomamos como el volumen (midiendo los tres diámetros: ancho, largo y profundidad). Las jaulas eran las B200 VT A: bacteria CVD intratumoral y periganglinar + CVD intranasal, B: bacteria TY intratumoral y periganglinar + TY intranasal, C: bacteria CVD intratumoral y periganglinar + PBS intranasal, D: bacteria TY intratumoral y periganglinar + PBS intranasal, E(control): PBS intranasal + PBS intratumoral y periganglinar; y el grupo 326 A: plasmido subcutaneo IL12 + IL15 50microg por animal + PBS intranasal, B: plasmido IL12 + IL15 50microg por animal intranasal + PBS subcutaneo, C: PBS intranasal + PBS subcutaneo. (Se puede hacer en todos los casos en vez de subcutaneo, de forma intratumoral).
Luego hicimos la curva de crecimiento tumoral, en cm3 en función de días (tomando el promedio de los volúmenes de todos los ratones en un día, como el volumen promedio en un día y tomando como primer día el día que fue inducido el tumor).
Luego hicimos la curva de crecimiento tumoral, en cm3 en función de días (tomando el promedio de los volúmenes de todos los ratones en un día, como el volumen promedio en un día y tomando como primer día el día que fue inducido el tumor).
18 de Septiembre
Hoy preparamos a las células LM3 para poder inocular.
Para esto realizamos los siguientes pasos:
1. Miramos a las células Lm3 por el microscopio (estas crecen en monocapa)
2. Lavamos dos veces con PBS para sacar el medio (que tiene células muertas y desperdicios)
3. Agregamos tripsina que tiene una enzima peptidasa (rompe la monocapa separando a las células LM3)
4.Se lleva a la estufa por 5´a 37ºC para que las enzimas se activen.
5. Mirar las LM3 por el microscopio, si no están separadas, golpear las paredes del envase suavemente.
6. Colocarlas en el medio MEM (2 % glutamina, 1% penincilina y estreptomisina, o.5 %gentamisina)
7.Centrifugamos 8´a 16ºC a 82G.
8. Luego de centrifugar tiramos el sobrenadante y volvemos a llenar con medio MEM.
9. Volvemos a centrifugar.
10. Tirar el sobrenadante y agregar 1 ml de medio MEM; tomamos una alícuota y contar la cantidad de células (previamente teñidas con trip-blue) por el microscopio.
11. Inoculas a cada ratón con 200 microlitros de las células en medio MEM, de forma subcutánea.
Para esto realizamos los siguientes pasos:
1. Miramos a las células Lm3 por el microscopio (estas crecen en monocapa)
2. Lavamos dos veces con PBS para sacar el medio (que tiene células muertas y desperdicios)
3. Agregamos tripsina que tiene una enzima peptidasa (rompe la monocapa separando a las células LM3)
4.Se lleva a la estufa por 5´a 37ºC para que las enzimas se activen.
5. Mirar las LM3 por el microscopio, si no están separadas, golpear las paredes del envase suavemente.
6. Colocarlas en el medio MEM (2 % glutamina, 1% penincilina y estreptomisina, o.5 %gentamisina)
7.Centrifugamos 8´a 16ºC a 82G.
8. Luego de centrifugar tiramos el sobrenadante y volvemos a llenar con medio MEM.
9. Volvemos a centrifugar.
10. Tirar el sobrenadante y agregar 1 ml de medio MEM; tomamos una alícuota y contar la cantidad de células (previamente teñidas con trip-blue) por el microscopio.
11. Inoculas a cada ratón con 200 microlitros de las células en medio MEM, de forma subcutánea.
4 de Septiembre
Hicimos un repaso sobre las líneas LBC y la LM3 hasta llegar al ratón. El LBC crece en suspension, por lo que se debe centrifugar para que las células queden abajo. Tiramos el medio, y volvemos a centrifuga (hasta que queden solo las celulas) se lava con PBS; luego de esto esta listo para inocular directamente (medir la concentracion).
La línea LM3 crece en monocapa y luego se le debe poner tripsina ya que rompe el enlace de células y levanta la monocapa, dejándolas en suspension. Pero como las proteínas del suero que tiene el medio donde esta la LM3 la inactiva, se debe lavar el suero. Luego se procede de la misma manera que con la línea LBC y se inocula en ratones singenéicos de la cepa BALB/c.
También repasamos la respuesta inmunologica de histocompatibilidad y sobre los tipos de linfocitos, que son células presentadoras de antígenos lo que ayuda a desarrollar una respuesta. Pueden ser linfocitos T"helpers"1, donde se encuentras los linfocitos T citotóxicos, que pueden ser coestimuladores (que la falta de una proteína los estimule), eliminan células con afecciones en su interior; y pueden ser linfocitos Th2 que estimulan a los linfocitos B, que son anticuerpos que eliminan patógenos en sangre.
Luego aprendimos sobre las citoquinas, que tienen que estar en cierto balance en el cuerpo, ya que inhiben respuestas inmunológicas.
Por último, hablamos de los plásmidos como tratamiento a tumores. Estos tienen un injerto y un promotor (CMV) para que se replique, lo que hace que cuando lo inoculemos, la célula lo incorpore en el núcleo y por compatibilidad de bases se unan, y una vez que la célula exprese la proteína libere la sintetizada.
Luego de todo esto, fuimos al bioterio (donde estan los ratones a experimentar).
Aprendimos como agarrarlos de manera de inmovilizarlos sin lastimarlos. Y, en grupos con tratamientos previos, aplicamos una tercera dosis de sustancias y controles. Como queremos que todos esten en iguales condiciones para un posterior analizamiento eficiente, se les debe poner a todos lo que pueda alterar la reaccion.
Los tres grupos que trataremos ya tienen el tumor inducido y crecido. Estan con células LM3. Utilizaremos en su tratamiento citoquinas PIL-12 y PIL-15 (en menos concentración en el caso de la inhalación). El primer grupo lo monitoreamos (medimos con calibre el tamaño del tumor para luego hacer una curva de crecimiento tumoral), le dimos plásmido internasal y PBS (placebo). El segundo grupo lo monitoreamos, le pusimos el plásmido intratumoral y PBS. Y al tercer grupo solo PBS.
La línea LM3 crece en monocapa y luego se le debe poner tripsina ya que rompe el enlace de células y levanta la monocapa, dejándolas en suspension. Pero como las proteínas del suero que tiene el medio donde esta la LM3 la inactiva, se debe lavar el suero. Luego se procede de la misma manera que con la línea LBC y se inocula en ratones singenéicos de la cepa BALB/c.
También repasamos la respuesta inmunologica de histocompatibilidad y sobre los tipos de linfocitos, que son células presentadoras de antígenos lo que ayuda a desarrollar una respuesta. Pueden ser linfocitos T"helpers"1, donde se encuentras los linfocitos T citotóxicos, que pueden ser coestimuladores (que la falta de una proteína los estimule), eliminan células con afecciones en su interior; y pueden ser linfocitos Th2 que estimulan a los linfocitos B, que son anticuerpos que eliminan patógenos en sangre.
Luego aprendimos sobre las citoquinas, que tienen que estar en cierto balance en el cuerpo, ya que inhiben respuestas inmunológicas.
Por último, hablamos de los plásmidos como tratamiento a tumores. Estos tienen un injerto y un promotor (CMV) para que se replique, lo que hace que cuando lo inoculemos, la célula lo incorpore en el núcleo y por compatibilidad de bases se unan, y una vez que la célula exprese la proteína libere la sintetizada.
Luego de todo esto, fuimos al bioterio (donde estan los ratones a experimentar).
Aprendimos como agarrarlos de manera de inmovilizarlos sin lastimarlos. Y, en grupos con tratamientos previos, aplicamos una tercera dosis de sustancias y controles. Como queremos que todos esten en iguales condiciones para un posterior analizamiento eficiente, se les debe poner a todos lo que pueda alterar la reaccion.
Los tres grupos que trataremos ya tienen el tumor inducido y crecido. Estan con células LM3. Utilizaremos en su tratamiento citoquinas PIL-12 y PIL-15 (en menos concentración en el caso de la inhalación). El primer grupo lo monitoreamos (medimos con calibre el tamaño del tumor para luego hacer una curva de crecimiento tumoral), le dimos plásmido internasal y PBS (placebo). El segundo grupo lo monitoreamos, le pusimos el plásmido intratumoral y PBS. Y al tercer grupo solo PBS.
14 de agosto
Continuamos con el protocolo para la purificacion de plasmidos. (solo para CD40)
Resuspendemos las bacterias con el buffer P1 (con RNAsa). Luego le aplicamos el buffers P2 y mezclamos cuidadosamente, esperamos 5 minutos y ponemos el siguiente buffer(P3). Lo dejamos reposar por 20 minutos en frio.
Después lo centrifugamos por 30 minutos a 4ºC. Removemos el sobrenadante y lo ponemos en un recipiente nuevo y centrifugamos por 15 minutos a la misma temperatura.
Mientras tanto limpiamos la columna con el buffer renew y la equilibramos con el buffer QBT. colocamos el sobrenadante en la columna y lo dejamos correr. Después de vaciarse la columna agregamos el buffer QC y por ultimo el buffer QF, este arrastra el plasmido por ende lo guardamos.
Para precipitar el DNA lo diluimos en isopropanol y centrifugamos. Dejamos decantar y lavamos el pellet con etanol 70%. Guardamos el DNA en el freezer para poder continuar en la próxima clase.
Resuspendemos las bacterias con el buffer P1 (con RNAsa). Luego le aplicamos el buffers P2 y mezclamos cuidadosamente, esperamos 5 minutos y ponemos el siguiente buffer(P3). Lo dejamos reposar por 20 minutos en frio.
Después lo centrifugamos por 30 minutos a 4ºC. Removemos el sobrenadante y lo ponemos en un recipiente nuevo y centrifugamos por 15 minutos a la misma temperatura.
Mientras tanto limpiamos la columna con el buffer renew y la equilibramos con el buffer QBT. colocamos el sobrenadante en la columna y lo dejamos correr. Después de vaciarse la columna agregamos el buffer QC y por ultimo el buffer QF, este arrastra el plasmido por ende lo guardamos.
Para precipitar el DNA lo diluimos en isopropanol y centrifugamos. Dejamos decantar y lavamos el pellet con etanol 70%. Guardamos el DNA en el freezer para poder continuar en la próxima clase.
17 Julio
Comenzamos nuevamente el protocolo, pero con CD40, ya que como se puede apreciar en la foto del 10 de Julio, en el corrimiento de ADN no figuro, por ende, perdimos el ADN en algún paso del protocolo, y hay que realizarlo nuevamente.
Centrifugamos las bacterias y las guardamos en el freezer hasta su próximo uso.
Centrifugamos las bacterias y las guardamos en el freezer hasta su próximo uso.
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